湖心寺始建于唐代，原址在今淮安农校院内。当年为“淮郡第一名刹”，淮安市第一人民医院的前身就在湖心寺。淮安市第一人民医院原名：苏北军区医院，后来多次易名，在2001年淮阴市改名为淮安市，医院正式更名为淮安市第一人民医院。
湖心寺虽然没有始建于西晋的法华译院（唐代为龙兴寺）古老，但以其规模宏大，庙产丰厚，成了“淮郡第一明刹”。康熙南巡时，御笔赐名为“佑济寺”，楷书大字立于山门之上。乾隆也曾钦赐《大清龙藏》一部。抗日战争胜利时，新四军从汉奸楞定的退居楼后，发现幽深的地下洞窟，解救出三十多名深受蹂躏的妇女，其中一位村姑已白发苍苍，本是大家闺秀，十六七岁时，围棋已难逢对手，名闻大江南北。当时，湖心寺住持亦以棋技独步天下自诩，趁其看河灯时，令人拽其落水抢回家中，家人沿河寻尸不得，伤心不已。姑娘苏醒后，恍然觉得身居神仙洞府，只好随遇而安。有位“仙翁”常来与之对弈，双方切磋近三十年，开始难分输赢，后来几乎有胜无负，“仙翁”觉得颜面丢失，再也不来与村姑下棋。村姑只好独自左手与右手又下了几十年，才重见天日，后来有人动员她上台控诉时，可惜她连话都不大会说了，没过几天就去世了。令人非常惋惜。