建于1962年，随着城市人口的不断增多，于1987年扩建。当年建城时，城区较小，当时没有自来水，人们的饮用水需到城外担水，而且留了一个城门，专门担水之用，后此处建一桥，“水门桥”因此而得名。
        水门桥，横跨里运河，连接南北两个城区，其重要性不言而喻。据史料记载，1959年前此处有渡船。1959年12月上旬，时任地委书记孙振华决定投资5万元建设水门木便桥，并要求能通轻型汽车。木桥宽5米，总长66米，于1958年12月15日开工，1959年元旦剪彩通车。1960年3月，经江苏省建设厅批准，先后投资36万元，在木桥的东侧，淮海路中心线上，重建钢筋混凝土大桥。该桥由袁春海、尹忠岱负责设计，清江建设局负责组织施工。“T”型桥梁总长66米，宽15米，其中车行道宽9米，人行道2×3米。1960年开工，因缺少施工设备一度停工，至1961年5月复工，6月打下第一根桩，因很顺利，放鞭炮庆祝。但从第二根开始，因为桩的含筋率偏低，入土6-7米后的土质很坚硬，被打断了好几根。后来邀请桥梁专家金玉宏高级工程师出谋划策。他研究后决定，只要桩的承载力够了，不再强调入土深度而硬打，钳制长度不够，采用在桩的周围抛石块以增加桥墩的稳定性。至1962年3月上部大梁安装完毕，又因压缩基本建设，再度停工，到1962年10月1日才剪彩通车。1979年因抗震需要，墩台上又进行了抗震加固。随着改革开放的深入，淮阴城区不断扩容，水门桥已无法承担巨大的车流量和人流量。1985年淮阴市政府决定扩建水门桥，将中间主桥拆去人行道，全部改为车行道，宽14米。主桥东西两侧各架一座宽10米的辅桥，其中非机动车道宽7米，人行道宽3米，总长66米。这次扩建总投资115万元，于1985年10月开工，1986年10月1日通车。
        2008年，由于城市发展迅速，车流量不断增加，市区桥梁原设计荷载普遍偏低，承载能力不足，造成桥面疲劳破损、伸缩缝损坏、横向联系不足等影响安全因素。另外，一些桥梁桥墩撞损、栏杆破损情况也较严重。针对上述病害，对市区存在安全隐患或超重车行驶较频繁的桥梁进行加固、提级和维修已迫在眉睫，水门桥便是这次全面维修的五座桥梁之一。水门桥由于服役时间较长，加之船只撞击致使桥墩、主梁出现多处裂缝以及当时设计等级不高，存在安全隐患。为保证交通及行人安全，市政府对水门桥进行了全面维修加固。
        2013年12月底，水门桥进行了扩建双向十车道，作为新水门桥景观装饰的最大看点之一，桥头四角增加了四组反映淮安历史变迁的铸铜群雕，分别为清代、上世纪50年代、上世纪80年代、当代）相对应，生动形象地再现了每个年代水门桥附近居民的生活场景。第一组群雕人物的生活年代设定为清代，主要反映当时人们打水用水、进出水门的场景；第二组群雕描绘的是上世纪五十年代的人物生活场景，展现了干部下基层、搞运动，支援苏北建设的历史形象，再现了当时农民推着独轮车交公粮的情景；第三组是以上世纪八十年代为背景的群雕，改革开放允许自由交易，所以有农民工戴着凉帽、推着自行车进城卖大米的形象；第四组现代场景的群雕人物造型，有背着斜挎包、边走边打手机的青年白领，有水门桥上自拍的驴友，还有扛着摄像机拍摄里运河风光的新闻工作者，真实反映了当下淮安人的生活。水门桥的改扩建见证了淮安几十年来的经济发展，每一次的改扩建，都预示着淮安城市发展到一个新的高度。如今，夜晚的里运河两岸，柔和的灯光让临水建筑物幻化成晶莹剔透的殿堂，倒映在波光粼粼的水面，装点一新的水门桥横跨河面，与周边的北门桥、常盈桥、石码头桥交相辉映，像一道道彩虹落入人间。